宇宙の彼方ケロン星から地球(ペコポン)を侵略するための尖兵として、地球で隠密行動をとっていたケロロ軍曹らケロロ小隊。ケロロが地球人の日向家に潜伏していたところ、冬樹と夏美にケロボールを奪われ、本隊は一時撤退。地球に取り残されたケロロらは、日向家に居候していた。インカ帝国の遺跡マチュピチュを訪れた冬樹とケロロ小隊。オカルト好きの冬樹は大喜びだが、ケロロの頭の中は地球侵略のことで溢れていた。彼らはそこで迷路のような遺跡を発見するが、トラップに引っかかり脱出を余儀なくされる。
原作:吉崎観音(角川書店「月刊少年エース」連載)
放送・上映開始日 2008/03/01〜